Fehlfunktionen und Defekte in Enzymsystemen führen in der Regel zu krankhaften Zuständen. Je nach Art und Ausmaß dieser „Fehler“ im System sind die Krankheitssymptome mehr oder minder schwer. Die Symptome sind also immer individuell abhängig vom Gesamtzustand der jeweiligen Person und von der spezifischen Störung. Auch sind sie in ihrer Art und Anzahl genauso vielfältig wie das menschliche Enzymsystem selbst. Das kann von leichten Blähungen bis hin zu schweren Formen von chronisch entzündlichen Darmentzündungen (wie z.B. Morbus Crohn (MC), Colitis Ulcerosa (CU) und sogar Bauchspeicheldrüsenkrebs reichen.

Enzyme sind hauptsächlich  für die  Verdauung und für die Produktion von Hormonen zuständig. Lipasen spalten Fette, Amylasen spalten Kohlehydrate und Peptidasen spalten Eiweiß.

Ein Mangel an dem Enzym Diaminooxidase (DAO)da wird Histamin nur mit Verzögerung abgebaut, sammelt sich im Körper und kann Migräne auslösen.

Fructoseintoleranz ist ein Mangel des Enzyms Fructose-1-Phosphat-Aldolase

Laktoseintoleranz ist ein Mangel des Enzyms  Laktase (es spaltet Milchzucker in Glukose und Galaktose)